Помимо экскурсий и практических занятий музей предлагает различные образовательные программы для учащихся, преподавателей средних школ и родителей вместе с детьми.
Преподаватели средних школ могут пройти у нас курсы повышения квалификации как в очной форме, так и с использованием дистанционных технологий.
Для людей любого возраста, в том числе и родителей с детьми, в музее с 2018 года реализуются дополнительные общеобразовательные программы, включающие несколько занятий (2 или 3). Эти занятия проходят в вечернее время или по субботам. Цикличность начала занятий – два раза в год: в марте-апреле или в октябре-ноябре.
Для учащихся младших классов (3-5 класс) в музее работает школа юных «Землеведение». Занятия проходят на экспозиции музея два раза в месяц. Прием в школу юных «Землеведение» осуществляется ежегодно в сентябре, для записи необходимо позвонить в диспетчерскую службу музея по телефону +7 (495) 939-29-76.
В дни Фестиваля науки в начале октября в музее традиционно проходит Форум молодых исследователей, который проводится в формате конференции.Принять участие в нем может любой старшеклассник со своим исследовательским проектом в области естественных наук. На Форуме работают секции – «Экология», «Междисциплинарные исследования», «Дебют в науке».